Stefan Kordes studierte in Hamburg, Stuttgart und Wien Solistenklasse Orgel und A-Kirchenmusik. Zu seinen prägenden Lehrern zählten B. Haas, J. Laukvik, B. Meyer-Janson und M. Radulescu (Orgel), L. Hager, D. Kurz und V. Wangenheim (Dirigieren), M. de Almeida, P. Hofer und R. Werner (Klavier) sowie J. Laukvik und I. Zerer (Cembalo).
Er war Stipendiat der „Studienstiftung des deutschen Volkes“ und ist Preisträger mehrerer internationaler Orgelwettbewerbe. In zahlreichen Meisterkursen erweiterte er sein Repertoire: z.B. bei M. Alain, J. Boyer, H. Fagius, A. Isoir, E. Kooiman, G. Litaize, L. Lohmann, A. Marcon, D. Roth, L. Tagliavini, H. Vogel und W. Zerer.
Seit 2001 ist er Kantor und Organist an St. Jacobi in Göttingen. Eine rege Konzerttätigkeit als Organist führte ihn bisher in zahlreiche Länder Europas, nach Asien und Südafrika.
2005 spielte Stefan Kordes in 25 Konzerten in St. Jacobi sämtliche Orgelwerke von Johann Sebastian Bach. In den letzten Jahren spielte er zudem Zyklen mit sämtlichen Orgelwerken von Alain, C.P.E. Bach, Brahms, Bruhns, Couperin, Duruflé, Franck, de Grigny, Guilain, Mendelssohn Bartholdy, Messiaen, Muffat und Schumann. 2024 spielt er an den Orgeln von St. Jacobi in 12 Konzerten einen Zyklus mit sämtlichen Orgelwerken von Dieterich Buxtehude.
Mehrere CDs liegen von ihm vor, außerdem machte er Rundfunk- und Fernsehaufnahmen. 2018 erschien ein Live-Mitschnitt von Bachs “Orgelmesse” sowie “4 Jahrhunderte Orgelmusik”, u.a. mit einer Orgeltranskription von Lists “Prometheus”.
Als Dirigent führte Stefan Kordes mit seinen Ensembles Oratorien, Chor- und Orchesterwerke von der Renaissance bis zu zeitgenössischen Kompositionen auf. Daneben konzertiert er als Pianist, Kammermusiker und Liedbegleiter.