Nach seiner Ausbildung an der Universität Cambridge wurde Mark Lee Mitglied der Musikabteilung der Westminster School. Zwei Jahre später wurde er zum Assistant Organist an der Kathedrale von Gloucester und stellvertretenden Musikdirektor an der King’s School ernannt.

Es folgte seine Ernennung zum Musikdirektor an der Kathedrale von Bristol.

Er verantwortete dort die Leitung zahlreicher Tourneen, Live-Übertragungen des BBC Choral Evensong, die Einrichtung von Mädchenchören an der Kathedrale, die Gründung des Cathedral Consort der Kathedrale, die Neugründung der Bristol Cathedral School als Bristol Cathedral Choir School – die erste staatliche Chorschulakademie im Vereinigten Königreich – und bereits über 500 Mittagskonzerte sowie das tägliche „Opus Dei“.

Mark Lee gastiert regelmäßig  im In- und Ausland. Die Arbeit mit jungen Menschen und ihre Freude an der Chormusik ist für ihn immer wieder eine große Inspiration. Er fungiert regelmäßig auch als Prüfer für das Exam Board of the Royal Schools of Music