Mami Nagata absolvierte ein Bachelor-Studium im Hauptfach Orgel an der Universität der Künste Tokio. Von 2012 bis 2014 studierte sie Orgel im Masterstudiengang an der Staatlichen Hochschule für Musik und Darstellende Kunst Stuttgart bei Ludger Lohmann. 2015 wurde sie in die Solistenklasse aufgenommen und durch ein Stipendium des japanischen Kunstministeriums gefördert. 2018 schloss sie ihr Studium in Stuttgart mit dem Konzertexamen ab und wirkt seitdem als Resident Organist der Parnassus Concert Hall in ihrer Heimatstadt Himeji.

Neben regelmäßigen Konzerten (u. a. thematische Reihen wie 2024 der Werdegang J. S. Bachs in drei Konzerten) engagiert sie sich dort auch besonders im orgelpädagogischen Bereich mit regelmäßigen Vorführungen für Schüler und Erwachsene, Kennenlerntagen und verschiedenartigen Kursangeboten. Außerdem war Nagata Dozentin für das Hauptfach Orgel am Kobe College sowie zwischen 2018 und 2020 Assistentin an der Universität der Künste Tokio.

Mami Nagata verfolgt eine internationale Konzerttätigkeit besonders in Japan und Deutschland. Sie konzertiert in Kirchen und vielen Konzerthäusern Japans, neben ihrer Tätigkeit in der Parnassus-Hall Himeji u. a. in der Minatomirai-Hall Yokohama, Tokyo Metropolitan Theatre, Izumi-Hall Osaka, Lilia-Hall Saitam, Operacity Tokio sowie in Deutschland an historischen Orgeln.