Karsten Krüger machte sein Abitur am musischen Paul-Gerhardt-Gymnasium in Dassel bei LKMD Hans-Joachim Rolf und KMD Wolfgang Teichmann.

Er studierte Kirchenmusik in Hannover bei Prof. Ulrich Bremsteller (Orgel), Heinz Hennig (Chorleitung) und Carl-Heinz Müller (Gesang). Das A-Examen legte er 1996 ab und trat im gleichen Jahr die Propsteikantorenstelle an der Lutherkirche in Bad Harzburg an. Mit dieser Stelle sind nach wie vor rege Konzerttätigkeiten in den Bereichen Oratorien und a capella-Werke (Kantorei), Orgelkonzerte, Kinderlieder und Musicals (Kinderchöre) sowie im Bereich der Popularmusik (Jugendchor und Band) verbunden.

Er absolvierte Orgel-Meisterkurse bei Harald Vogel, Pierre Cogen, Anders Bondemann und Wolfgang Seiffen. Als Gesangssolist und Ensemblesänger (u.a. im Landesjugendchor Niedersachsen, im Norddeutschen Figuralchor und bei Gli Scarlattisti) wirkte er mit bei barocken Oratorien und Kantaten von J.S. Bach sowie bei den großen Barockwerken von Händel, Schütz, Telemann oder Monteverdi.

Als Dirigent führte er sämtliche Oratorien von J.S. Bach, zahlreiche Kantaten sowie die meisten der großen Chor- und Orchesterwerke berühmter Komponist:innen auf (s. Informationen zur Lutherkantorei).

2011 leitete er das Rockmusical-Projekt „Tommy“ im Goslarer Odeon-Theater, bei dem über einhundert Menschen mehrerer Generationen und mit dem Aspekt der Inklusion ein Jahr lang mitgewirkt haben. Im Jahr 2019 leitete er das Projekt „Die Kinder des Monsieur Mathieu“ in vergleichbarer Dimension und inklusive der von einem Live-Orchester gespielten Filmmusik.

Seine Konzerttätigkeit als Organist, Gesangssolist, Ensemblesänger, Kammermusiker und Dirigent führten ihn durch Deutschland und ins europäische Ausland.

Von 2021 bis 2023 teilte er sich vertretungsweise die Stelle des Landeskirchenmusikdirektors der Braunschweigischen Landeskirche zusammen mit Propsteikantor Gerald de Vries (Goslar).