Gerhard Weinberger studierte an der Hochschule für Musik München Orgel (bei Prof. Franz Lehrndorfer), Kirchen – und Schulmusik. 1971 war er zweiter Preisträger im Fach Orgel im internationalen Musikwettbewerb der deutschen Rundfunkanstalten (ARD). Nach einer dreijährigen Tätigkeit als Chordirektor an der Basilika St. Lorenz in Kempten wurde er 1974 als Dozent für Orgel und Kirchenmusik an die Hochschule für Musik in München berufen. 1977 erhielt er dort eine Professur für Orgel. Von 1983 – 2011 hatte er die Professur für künstlerisches Orgelspiel an der Hochschule für Musik in Detmold inne und leitete die Abteilung Kirchenmusik, außerdem das Vokalsolisten-Ensemble der Barockakademie.
Er ist Mitglied der Europäischen Akademie der Wissenschaften und Künste und des Direktoriums der Neuen Bachgesellschaft Leipzig. 2017 wurde ihm das Bundesverdienstkreuz am Bande verliehen.
Zahlreiche Konzerte weltweit, 2000 mehrmals zyklische Gesamtaufführung des Bachschen Orgelwerkes, über 50 CD – Aufnahmen , Schallplattenpreise, Jurytätigkeit, internationale Meisterkurse, zahlreiche Editionen von Orgel – und geistlicher Chormusik.
Mit seiner Frau Beatrice-Maria konzertiert der Künstler regelmäßig auch in Konzerten mit vierhändiger Orgelmusik.
Für seine Gesamteinspielung der Orgelwerke Bachs auf historischen Instrumenten erhielt Gerhard Weinberger den renommierten Jahrespreis der deutschen Schallplattenkritik 2009. Augenblicklich arbeitet er an einer Gesamteinspielung der Orgelwerke Max Regers auf Orgeln der Regerzeit.