Michael Schönheit, geboren in Saalfeld, erhielt seine erste musikalische Ausbildung bei seinem Vater Walter Schönheit und war Mitglied der Thüringer Sängerknaben. Er studierte Dirigieren, Klavier und Orgel an der Hochschule für Musik „Felix Mendelssohn Bartholdy“. Er war 1984 Preisträger des Internationalen Johann-Sebastian-Bach-Wettbewerbs in Leipzig.
Von 1985 bis 1991 war er als Organist und Kantor in Saalfeld tätig. 1986 wurde er zum Gewandhausorganisten berufen. Hier umfasst sein Wirkungsbereich die Gestaltung der Gewandhausorgelkonzerte, thematischer Zyklen, die Mitwirkung in den Gewandhauskammermusiken sowie Auftritte als Solist mit dem Gewandhausorchester.
Seit 1994 ist Michael Schönheit künstlerischer Leiter der Merseburger Orgeltage, einem der führenden Orgelfestivals in Deutschland. Seit 1996 ist Schönheit zudem Domorganist in Merseburg.
Im Jahre 1998 gründete er das Ensemble Merseburger Hofmusik, das es sich zur Aufgabe gemacht hat, die Musik vom 17. bis zum 19. Jahrhundert auf Instrumenten historischer Mensur zu spielen.
Von 1998 bis 2005 leitete Michael Schönheit den Carl-Philipp-Emanuel-Bach-Chor Hamburg.
Michael Schönheit ist ein international gefragter Gastorganist. Seine Konzerttätigkeit erstreckt sich über die europäischen Länder hinaus bis in die USA und nach Japan.
Als Solist gastierte er neben dem Gewandhausorchester bei so renommierten Orchestern wie der Sächsischen Staatskapelle Dresden, den Münchner Philharmonikern, dem Konzerthausorchester Berlin, der Dresdner Philharmonie, dem Orchestra dell’ Accademia Nazionale di Santa Cecilia Rom, dem DR SymfoniOrkestret (DRSO) Kopenhagen, dem New York Philharmonic Orchestra u.v.a.. 2019 debütierte er bei den Proms der BBC mit einem Bachprogramm in der Royal Albert Hall, London. Im April 2019 spielte er das letzte Orgelkonzert vor dem verheerenden Brand in der Kathedrale Notre-Dame de Paris.
Bei zahlreichen internationalen Wettbewerben ist er als Jurymitglied tätig. Seit vielen Jahren ist der Mitglied im Präsidium der Gottfried Silbermann Gesellschaft Freiberg.
Neben seiner Tätigkeit als Organist und Ensembleleiter widmet sich Schönheit seit vielen Jahren dem historischen Hammerklavier als Duopartner in Lieder-Abenden und Kammermusiker in Mozarts und Beethovens Klavierkammermusik.
Rundfunk-, Fernseh- und CD-Produktionen als Organist und Dirigent ergänzen sein vielseitiges künstlerisches Wirken. So erschienen in den Jahren 2005/06 bei MDG CDs mit Werken von J.S. Bach, F. Liszt, J. Reubke und M. Reger auf der großen Ladegast-Orgel im Merseburger Dom. 2010 erschien bei Decca die Einspielung der Sechs Brandenburgischen Konzerte von Bach mit dem Gewandhausorchester unter Riccardo Chailly, bei der Schönheit den Cembalo-Solopart im 5. Brandenburgischen Konzertes übernahm. Zum 200. Geburtstag von Friedrich Ladegast erschien in Zusammenarbeit mit dem Schweriner Domorganisten Jan Ernst eine Doppel- CD mit den jeweiligen Weihe – Konzerten der beiden Dom-Orgeln von F. Ladegast in Merseburg und Schwerin.
Mit der Merseburger Hofmusik erschien im Jahre 2013 beim Verlag Kamprad die Gesamteinspielung des Orchester- und Kantatenwerkes von Johann Ludwig Krebs. Es folgte 2016 die Ersteinspielung des Requiems op. 144b von Max Reger und des „Deutschen Requiems“ von Johannes Brahms auf Originalinstrumenten. Schließlich erschien 2018 eine sehr gelobte Einspielung der Hohen Messe h -Moll von J. S. Bach unter der Leitung von M.Schönheit.
Im Lockdown 2021 produzierten Schönheit und seine Ensembles das Kantaten-Gesamtwerk des vormaligen Merseburger Domorganisten Georg Friedrich Kauffmann, die bei cpo erschienen. 2022 wurden durch „Neustart Kultur“ Konzerte und CD- Einspielungen des gewaltigen Oratorium „Christus“ von F. Liszt ermöglicht. Im Januar 2023 spielte Schönheit die erste Aufführung des Orgelkonzertes von Walter Braunfels im Gewandhaus seit der Uraufführung im Jahre 1928 in Leipzig. Das Jahr 2025 stand im Zeichen des Gedenkens an den 275. Todestag von Johann Sebastian Bach. So spielte in den Spielzeiten 2023/24 und 24/25 Schönheit das gesamte Orgelwerk Bachs im Gewandhaus. 2025 kam es zu einer Serie von sieben Aufführungen der Hohen Messe h-Moll von Bach mit der Merseburger Hofmusik und dem Collegium Vocale Leipzig unter seiner Leitung so u.a. im Gewandhaus, bei den Thüringer Bachwochen und im Merseburger Dom. Im Oratoriums „Buch mit sieben Siegeln“ von Franz Schmidt übernahm Schönheit in Produktionen in der Berliner Philharmonie und der Slovakischen Philharmonie Bratislava den Orgelpart.
Für seine Verdienste um die Restaurierung der Merseburger Domorgel und die Entwicklung der Merseburger Orgeltage zu einem Festival von hohem Rang wurde Michael Schönheit
Im Jahre 2015 mit dem Verdienstorden des Landes Sachsen-Anhalt ausgezeichnet. 2026 erhielt er die Bürgermedaille der Stadt Merseburg.