Nicolas Berndt wurde in Bonn geboren, wo er bereits seit früher Kindheit Klavier- und Orgelunterricht erhielt. An den Musikhochschulen in Leipzig und Freiburg studierte er Kirchenmusik (Bachelor und Master) sowie Orgel im Konzertfach (Master und Meisterklasse), u.a. bei Matthias Maierhofer, Martin Schmeding, Ullrich Böhme, Karl-Ludwig Kreutz und David Timm.

Als Organist und Chorleiter wirkte er an verschiedenen Kirchen, so als Organist für die liturgischen Feiern des alt-katholischen Bischofs in Deutschland. Von 2016 bis 2019 war er als Assistenzorganist an der Leipziger Thomaskirche tätig, wo er als Solist und regelmäßiger Begleiter des Thomanerchors in zahlreichen Motetten, Gottesdiensten und Konzerten zu erleben war. Zu seinen Aufgaben gehörten daneben auch das regelmäßige Zusammenspiel mit dem Gewandhausorchester.

Im Jahr 2019 wurde er in das Amt des Wenzelsorganisten (Naumburg) und damit in eines der traditionsreichsten Organistenämter im Bereich der Kirchenmusik gewählt. Damit obliegt ihm die Verantwortung für die weltbekannte Hildebrandt-Orgel, die einzig authentisch erhaltene große Orgel, die Johann Sebastian Bach maßgeblich mitkonzipiert und auch abgenommen hat. Des Weiteren ist er künstlerischer Leiter des städtischen „Internationalen Orgelsommers“ sowie des Musikfestivals „Hildebrandt-Tage“. Im Jahr 2021 hat er unter der Schirmherrschaft des Staats- und Kulturministers des Landes Sachsen-Anhalt die Reihe „Junge Talente“ initiiert.

Nicolas Berndt konzertiert regelmäßig im In- und Ausland, auch mit Ensembles wie dem Freiburger Philharmonischen Orchester, dem Sächsischen Barockorchester oder dem Gewandhausorchester. Seine musikalischen Aktivitäten wurden bereits mehrfach durch Stipendien gewürdigt, u.a. durch die Studienstiftung des deutschen Volkes, die Anna Ruths-Stiftung und die Theodor-Rogler-Stiftung. Mehrere TV- und Rundfunkaufnahmen ergänzen sein Profil, genauso wie seine Unterrichtstätigkeit als Lehrbeauftragter für Orgelliteratur und -improvisation an der Leipziger Musikhochschule und davor als Dozent für Orgel in der musikalischen Ausbildung des Thomanerchores.