Mark Lee erhielt seine musikalisch-akademische Aus- und Weiterbildung am Corpus Christi College der Universität Cambridge. Für herausragende Leistung erhielt er den Coventry Cathedral Recital Award. Erste berufliche Erfahrungen gewann er als Mitglied des Lehrkörpers an der Westminster School, an der er zwei Jahre unterrichtete, um danach für acht Jahre als Assistant Organist an der Kathedrale von Gloucester und als Assistant Music Director an der King’s School zu arbeiten, u.a. mit Dr. John Sanders und David Briggs. Er leitete die St Cecilia Singers of Gloucester und realisierte die erste CD des Ensembles, die Komponisten aus dem Raum Gloucestershire gewidmet war.
Auf diese berufliche Periode folgte seine Ernennung zum Director of Music an der Kathedrale von Bristol, an der er bis heute tätig ist und auf vielfältigste Art als Organist, Ensembleleiter und Dirigent wirkt. Er gründete den Mädchenchor der Kathedrale, das Kathedralconsort und war federführend an der Neu- bzw. Wiedergründung der Bristol Cathedral School unter dem Namen Bristol Cathedral Choir School beteiligt. Sie ist die erste staatliche Chorschulakademie des Vereinigten Königreichs. Mark Lee verantwortet in der Kathedrale die gesamte tägliche Sakralmusik und hat über 500 Lunchtime Concerts organisiert.
Als Orgelsolist gastiert er regelmäßig an bedeutenden britischen Kirchen wie Westminster Abbey, St. Paul’s Cathedral und King’s College, Cambridge.
Seine Passion ist die Jugendmusikerziehung auf dem Gebiet des Chorgesangs, von der er selbst sagt, sie inspiriere immer wieder seine Arbeit.
Mark Lee arbeitet auch als Prüfer für das Associated Board of the Royal Schools of Music.