Thiemo Janssen stammt aus Freiburg und studierte in Hannover, Lyon und Hamburg Kirchenmusik, Musiktheorie und Orgel, u. a. bei Louis Robilliard und Wolfgang Zerer, bei dem er seine Studien mit dem Konzertexamen für Orgel abschloss. Durch Kurse bei Harald Vogel lernte er die norddeutsche Orgellandschaft kennen.
Von 1995 bis 2000 war Thiemo Janssen Kantor und Organist an der Woehl-Orgel in St. Nikolaus in Friedrichshafen am Bodensee, wo er die „Internationale Orgelakademie Bodensee“ leitete und eine breite Chorarbeit betreute.
Seit 2000 ist er gemeinsam mit seiner Frau Agnes Luchterhandt Organist an der weltberühmten Arp-Schnitger-Orgel der Ludgerikirche in Norden/Ostfriesland. Bis 2006 unterrichtete er Orgel an der Hamburger Musikhochschule.
Thiemo Janssen ist als Solist und Kursdozent international gefragt. Er konzertiert regelmäßig an bedeutenden Orgeln in Europa, Japan, Südkorea und den USA, wobei ihm neben der Alten Musik auch die deutsche und französische Orgelsymphonik am Herzen liegt. Mehrere Rundfunk-, CD- und YouTube-Aufnahmen dokumentieren sein vielseitiges Repertoire. Für seine erste in Norden zusammen mit Agnes Luchterhandt aufgenommene CD wurde er mit dem „Preis der deutschen Schallplattenkritik“ ausgezeichnet.
Im Dezember 2021 erschien die neuste CD, aufgenommen an den historischen Orgeln in Osteel und in Uttum.