Martin Hofmann studierte an der Hochschule für Musik und Theater in Hannover (Lehrer: Prof. Schneider-Pungs und Prof. Ulrich Bremsteller), an der Akademie für Alte Musik, Bremen (Prof. Harald Vogel) und am New England Conservatory of Music in Boston (William Porter).
Er legte 1987 das Kirchenmusik A-Examen ab und erhielt 1993 das Artist-Diploma. Martin Hofmann hatte verschiedene Kirchenmusikerstellen im norddeutschen Raum und in den USA inne und war Dozent für Orgelspiel und Improvisation an dem Institut für Kirchenmusik der Universität Greifswald und am Kirchenmusikalischen Institut in Halberstadt. Als Orgelsachverständiger war er für die Pommersche Evangelische Kirche und die Ev.-luth. Kirche in Braunschweig tätig.
Martin Hofmann ist Organist an der Stabkirche zu Hahnenklee, künstlerischer Leiter einer umfangreichen Konzertreihe dort, und Betreuer der bedeutenden historischen Christoph Treutmann-Orgel von 1737 in der Klosterkirche zu Grauhof. Martin Hofmann ist auch Organist an der Paul Gerhardt-Kirche in Lautenthal, gibt viele Konzerte und erteilt Orgelunterricht.
1989 gewann Martin Hofmann den internationalen César Franck Orgelwettbewerb in Toulouse. Konzerte führten ihn in viele europäische Länder und in die USA. Auch durch Rundfunk- und mehrere CD-Aufnahmen ist Martin Hofmann bekannt.